Running mgpileup version 0.7
bam file                : testFiles/shortSorted.sam
reference sequence file : ../../bam/test/testFiles/chr1_partial.fa
1	75	RefBase:A	Depth:1	A:1	C:0	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
1	76	RefBase:C	Depth:1	A:0	C:1	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
1	77	RefBase:T	Depth:1	A:0	C:0	G:1	T:0	N:0	M:0	Del:0
1	78	RefBase:T	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:1	N:0	M:0	Del:0
1	79	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:0	N:1	M:0	Del:0
2	75	RefBase:N	Depth:1	A:1	C:0	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	76	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:1	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	77	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:1	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	78	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:1	N:0	M:0	Del:0
2	79	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:0	N:1	M:0	Del:0
2	1751	RefBase:N	Depth:1	A:1	C:0	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	1752	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:1	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	1753	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:1	T:0	N:0	M:0	Del:0
2	1754	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:1	N:0	M:0	Del:0
2	1755	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:0	N:1	M:0	Del:0
3	75	RefBase:N	Depth:1	A:1	C:0	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
3	76	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:1	G:0	T:0	N:0	M:0	Del:0
3	77	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:1	T:0	N:0	M:0	Del:0
3	78	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:1	N:0	M:0	Del:0
3	79	RefBase:N	Depth:1	A:0	C:0	G:0	T:0	N:1	M:0	Del:0
