Main.cpp
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00016
00017
00018 #include "ReadFiles.h"
00019 #include "WriteFiles.h"
00020 #include "ValidationTest.h"
00021 #include "BamIndexTest.h"
00022 #include "ModifyVar.h"
00023 #include "Modify.h"
00024 #include "SamFileTest.h"
00025 #include "TestEquals.h"
00026 #include "TestFilter.h"
00027 #include "ShiftIndels.h"
00028 #include "TestPileup.h"
00029
00030 int main(int argc, char ** argv)
00031 {
00032 if(argc == 1)
00033 {
00034 testReadSam();
00035 testReadBam();
00036 testReadBam();
00037 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00038 "results/addedTagToSam.bam");
00039 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00040 "results/addedTagToSam.sam");
00041 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00042 "results/addedTagToBam.sam");
00043 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00044 "results/addedTagToBam.bam");
00045
00046 testValidateSortedRead();
00047
00048
00049 testWrite();
00050
00051 testSamQNAME();
00052 testBamRID();
00053 testEmptyQual();
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00056 testBamIndex();
00057
00058 testModifyVar();
00059 testModify();
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00061 testSamFile();
00062
00063 testSeqEquals();
00064
00065 testFilter();
00066
00067 testShiftIndels();
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00069 testPileup();
00070 }
00071 else
00072 {
00073 modifyFirstBaseLong();
00074 }
00075 }
00076