Main.cpp
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00016
00017
00018 #include "ReadFiles.h"
00019 #include "WriteFiles.h"
00020 #include "ValidationTest.h"
00021 #include "BamIndexTest.h"
00022 #include "ModifyVar.h"
00023 #include "Modify.h"
00024 #include "SamFileTest.h"
00025 #include "TestEquals.h"
00026 #include "TestFilter.h"
00027 #include "ShiftIndels.h"
00028 #include "TestPileup.h"
00029 #include "TestPosList.h"
00030 #include "TestCigarHelper.h"
00031 #include "TestSamRecordPool.h"
00032 #include "TestSamCoordOutput.h"
00033 #include "TestSamRecordHelper.h"
00034
00035 int main(int argc, char ** argv)
00036 {
00037 if(argc == 1)
00038 {
00039 testReadSam();
00040 #ifdef __ZLIB_AVAILABLE__
00041 testReadBam();
00042 testReadBam();
00043 #endif
00044 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00045 "results/addedTagToSam.bam");
00046 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00047 "results/addedTagToSam.sam");
00048
00049 #ifdef __ZLIB_AVAILABLE__
00050 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00051 "results/addedTagToBam.sam");
00052 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00053 "results/addedTagToBam.bam");
00054 #endif
00055
00056 testValidateSortedRead();
00057
00058 testWrite();
00059
00060 testSamQNAME();
00061 testBamRID();
00062 testEmptyQual();
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00065 #ifdef __ZLIB_AVAILABLE__
00066 testBamIndex();
00067 #endif
00068
00069 testModifyVar();
00070 testModify();
00071
00072 testSamFile();
00073
00074 testSeqEquals();
00075
00076 testFilter();
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00081
00082 testPosList();
00083
00084 testCigarHelper();
00085 testSamRecordPool();
00086 testSamCoordOutput();
00087 testSamRecordHelper();
00088 }
00089 else
00090 {
00091 modifyFirstBaseLong();
00092 }
00093 }
00094