Main.cpp
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00016
00017
00018 #include "ReadFiles.h"
00019 #include "WriteFiles.h"
00020 #include "ValidationTest.h"
00021 #include "BamIndexTest.h"
00022 #include "ModifyVar.h"
00023 #include "Modify.h"
00024 #include "SamFileTest.h"
00025
00026 int main(int argc, char ** argv)
00027 {
00028 if(argc == 1)
00029 {
00030 testReadSam();
00031 testReadBam();
00032 testReadBam();
00033 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00034 "results/addedTagToSam.bam");
00035 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testSam.sam",
00036 "results/addedTagToSam.sam");
00037 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00038 "results/addedTagToBam.sam");
00039 testAddHeaderAndTagToFile("testFiles/testBam.bam",
00040 "results/addedTagToBam.bam");
00041
00042 testValidateSortedRead();
00043
00044
00045 testWrite();
00046
00047 testSamQNAME();
00048 testBamRID();
00049 testEmptyQual();
00050
00051
00052 testBamIndex();
00053
00054 testModifyVar();
00055 testModify();
00056
00057 testSamFile();
00058 }
00059 else
00060 {
00061 modifyFirstBaseLong();
00062 }
00063 }
00064