SamTags.h
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00018 #ifndef __SAM_TAGS_H__
00019 #define __SAM_TAGS_H__
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00021 #include <stdint.h>
00022 #include <stdexcept>
00023 #include "SamRecord.h"
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00025 class SamTags
00026 {
00027 public:
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00029 static const char* BQ_TAG;
00030 static const char BQ_TAG_TYPE;
00031 static const char* MD_TAG;
00032 static const char MD_TAG_TYPE;
00033 static const char* ORIG_POS_TAG;
00034 static const char ORIG_POS_TAG_TYPE;
00035 static const char* ORIG_CIGAR_TAG;
00036 static const char ORIG_CIGAR_TAG_TYPE;
00037 static const char* ORIG_QUAL_TAG;
00038 static const char ORIG_QUAL_TAG_TYPE;
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00043 static bool createMDTag(String& outputMDtag, SamRecord& inputRec, GenomeSequence& genome);
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00045 static bool isMDTagCorrect(SamRecord& inputRec, GenomeSequence& genome);
00046
00047 static bool updateMDTag(SamRecord& inputRec, GenomeSequence& genome);
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00049 private:
00050 SamTags();
00051 };
00052
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00054 #endif