Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- g -

• GenerateStatistics() : SamFile
• GenomeSequence() : GenomeSequence
• get0BasedAlignmentEnd() : SamRecord
• get0BasedMatePosition() : SamRecord
• get0BasedPosition() : SamRecord
• get0BasedUnclippedEnd() : SamRecord
• get0BasedUnclippedStart() : SamRecord
• get1BasedAlignmentEnd() : SamRecord
• get1BasedMatePosition() : SamRecord
• get1BasedPosition() : SamRecord
• get1BasedUnclippedEnd() : SamRecord
• get1BasedUnclippedStart() : SamRecord
• getAlignmentLength() : SamRecord
• getBases() : SequenceCoverageReader
• getBin() : SamRecord
• getBlockSize() : SamRecord
• getChromosome() : GenomeSequence
• getChromosomeCount() : GenomeSequence
• getChromosomeSize() : GenomeSequence
• getChromosomeStart() : GenomeSequence
• getChunksForRegion() : BamIndex
• getCigar() : SamRecord
• getCigarInfo() : SamRecord
• getCigarLength() : SamRecord
• GetCurrentRecordCount() : SamFile
• getCurrentRecordCount() : GlfFile
• getDataPtr() : GenomeSequence
• getDouble() : SamRecord
• getExpandedString() : Cigar
• getExpectedQueryBaseCount() : Cigar
• getExpectedReferenceBaseCount() : Cigar
• GetFailure() : SamFile
• getFailure() : GlfFile
• getFields() : SamRecord
• getFileName() : InputFile
• getFlag() : SamRecord
• getGenomePosition() : GenomeSequence
• getHeaderTextString() : GlfHeader
• getIndel1() : GlfRecord
• getIndel2() : GlfRecord
• getInsertSize() : SamRecord
• getInteger() : SamRecord
• getLk() : GlfRecord
• getLkHet() : GlfRecord
• getLkHom1() : GlfRecord
• getLkHom2() : GlfRecord
• getMapQuality() : SamRecord
• getMateReferenceID() : SamRecord
• getMateReferenceName() : SamRecord
• getMateReferenceNameOrEqual() : SamRecord
• getMinDepth() : GlfRecord
• getMinLk() : GlfRecord
• getMismatchCount() : GenomeSequence
• getName() : GlfRefSection
• getNextMatchMismatch() : SamQuerySeqWithRefIter
• getNextRecord() : GlfFile
• getNextRefSection() : GlfFile
• getNextSamTag() : SamRecord
• getNumBeginClips() : Cigar
• getNumberBases() : GenomeSequence
• getNumEndClips() : Cigar
• getNumMappedReads() : BamIndex
• getNumMappedReadsFromIndex() : SamFile
• getNumOverlaps() : SamRecord
• GetNumOverlaps() : SamFile
• getNumRefs() : BamIndex
• getNumUnMappedReads() : BamIndex
• getNumUnMappedReadsFromIndex() : SamFile
• getOffset() : GlfRecord
• getQualities() : ReadInsertion
• getQuality() : SamRecord
• getQueryIndex() : SamSingleBaseMatchInfo
• getReadDepth() : GlfRecord
• getReadLength() : SamRecord
• getReadName() : SamRecord
• getReadNameLength() : SamRecord
• getRecordBuffer() : SamRecord
• getRecordType() : GlfRecord
• getRefBase() : GlfRecord
• getRefBaseChar() : GlfRecord
• getReferenceID() : SamRecord
• getReferenceMinMax() : BamIndex
• getReferenceName() : SamRecord
• getRefLen() : GlfRefSection
• getRmsMapQ() : GlfRecord
• getSequence() : SamRecord
• GetStatus() : SamFile
• getStatus() : GlfStatus , SamRecord , GlfFile
• getStatusMessage() : GlfStatus , GlfFile
• GetStatusMessage() : SamFile
• getStatusString() : GlfStatus
• getString() : SamRecord
• getSumQ() : GenomeSequence
• getTagLength() : SamRecord
• getType() : SamSingleBaseMatchInfo
• GlfException() : GlfException
• GlfFile() : GlfFile
• GlfFileReader() : GlfFileReader
• GlfFileWriter() : GlfFileWriter
• GlfHeader() : GlfHeader
• GlfRecord() : GlfRecord
• GlfRefSection() : GlfRefSection
• GlfStatus() : GlfStatus
• GZIP : InputFile