- b -

• BASE_SPACE : BaseAsciiMap
• BASES : SamRecord
• BGZF : InputFile

- c -

• COLOR_SPACE : BaseAsciiMap
• COORDINATE : SamFile

- d -

• DEFAULT : InputFile
• del : Cigar

- e -

• EQUAL : SamRecord
• ERROR : SamValidationError

- f -

• FAIL_IO : SamStatus , GlfStatus
• FAIL_MEM : GlfStatus , SamStatus
• FAIL_ORDER : SamStatus , GlfStatus
• FAIL_PARSE : GlfStatus , SamStatus
• FLAG : SamFile

- g -

• GZIP : InputFile

- h -

• hardClip : Cigar
• HD : SamHeaderRecord

- i -

• insert : Cigar
• INVALID : SamStatus , GlfStatus
• INVALID_CIGAR : SamValidationError
• INVALID_MAPQ : SamValidationError
• INVALID_MRNM : SamValidationError
• INVALID_POS : SamValidationError
• INVALID_QNAME : SamValidationError
• INVALID_QUAL : SamValidationError
• INVALID_REF_ID : SamValidationError
• INVALID_RNAME : SamValidationError
• INVALID_SORT : SamStatus
• INVALID_TAG : SamValidationError

- m -

• match : Cigar
• mismatch : Cigar

- n -

• NO_MORE_RECS : SamStatus
• NONE : SamRecord
• none : Cigar

- p -

• pad : Cigar
• PG : SamHeaderRecord

- q -

• QUERY_NAME : SamFile

- r -

• READ : SamFile , GlfFile
• RG : SamHeaderRecord

- s -

• skip : Cigar
• softClip : Cigar
• SQ : SamHeaderRecord
• SUCCESS : SamStatus , GlfStatus

- u -

• UNCOMPRESSED : InputFile
• UNKNOWN : SamStatus , GlfStatus , BaseAsciiMap
• UNSORTED : SamFile

- w -

• WARNING : SamValidationError
• WRITE : GlfFile , SamFile