- b -

• BASES : SamRecord
• BGZF : InputFile

- c -

• COORDINATE : SamFile

- d -

• DEFAULT : InputFile
• del : Cigar

- e -

• EQUAL : SamRecord

- f -

• FAIL_IO : GlfStatus
• FAIL_MEM : GlfStatus
• FAIL_ORDER : GlfStatus
• FAIL_PARSE : GlfStatus
• FLAG : SamFile

- g -

• GZIP : InputFile

- h -

• hardClip : Cigar

- i -

• insert : Cigar
• INVALID : GlfStatus

- m -

• match : Cigar
• mismatch : Cigar

- n -

• NONE : SamRecord
• none : Cigar

- p -

• pad : Cigar

- q -

• QUERY_NAME : SamFile

- r -

• READ : SamFile , GlfFile

- s -

• skip : Cigar
• softClip : Cigar
• SUCCESS : GlfStatus

- u -

• UNCOMPRESSED : InputFile
• UNKNOWN : GlfStatus
• UNSORTED : SamFile

- w -

• WRITE : SamFile , GlfFile