Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• SamFile() : SamFile
• SamFileHeader() : SamFileHeader
• SamFileReader() : SamFileReader
• SamFileWriter() : SamFileWriter
• SamHeaderRecord() : SamHeaderRecord
• SamHeaderRecordType : SamHeaderRecord
• SamRecord() : SamRecord
• SamStatus() : SamStatus
• SamValidationError() : SamValidationError
• SamValidationErrors() : SamValidationErrors
• SequenceTranslation : SamRecord
• seqWithEquals() : SamQuerySeqWithRef
• seqWithoutEquals() : SamQuerySeqWithRef
• Set() : CigarRoller
• set0BasedMatePosition() : SamRecord
• set0BasedPosition() : SamRecord
• set1BasedMatePosition() : SamRecord
• set1BasedPosition() : SamRecord
• setApplication() : GenomeSequence
• setAttemptRecovery() : InputFile
• setBaseMapType() : BaseAsciiMap
• setBuffer() : SamRecord
• setBufferFromFile() : SamRecord
• setCigar() : SamRecord
• setDeletionIndel1() : GlfRecord
• setDeletionIndel2() : GlfRecord
• setFields() : SamHeaderRecord
• setFlag() : SamRecord
• setHandlingType() : SamStatus
• setHDTag() : SamFileHeader
• setHeaderTextString() : GlfHeader
• setInsertionIndel1() : GlfRecord
• setInsertionIndel2() : GlfRecord
• setInsertSize() : SamRecord
• setLk() : GlfRecord
• setLkHet() : GlfRecord
• setLkHom1() : GlfRecord
• setLkHom2() : GlfRecord
• setMapQuality() : SamRecord
• setMateReferenceName() : SamRecord
• setMinDepth() : GlfRecord
• setMinLk() : GlfRecord
• setName() : GlfRefSection
• setNumPrimerBases() : BaseAsciiMap
• setOffset() : GlfRecord
• setPGTag() : SamFileHeader
• setQuality() : SamRecord
• setQueryIndex() : SamSingleBaseMatchInfo
• setReadDepth() : GlfRecord
• setReadName() : SamRecord
• SetReadSection() : SamFile
• SetReadSequenceTranslation() : SamFile
• setRecordType() : GlfRecord
• setRefBaseInt() : GlfRecord
• setReference() : SamRecord
• SetReference() : SamFile
• setReferenceName() : SamRecord , GenomeSequence
• setRefLen() : GlfRefSection
• setRGTag() : SamFileHeader
• setRmsMapQ() : GlfRecord
• setRtypeRef() : GlfRecord
• setSequence() : SamRecord
• setSequenceTranslation() : SamRecord
• setSortedValidation() : SamFile
• setSQTag() : SamFileHeader
• setStatus() : SamStatus , GlfStatus
• setTag() : SamHeaderRecord
• setType() : SamSingleBaseMatchInfo
• SetWriteSequenceTranslation() : SamFile
• Severity : SamValidationError
• shiftIndelsLeft() : SamRecord
• size() : Cigar
• skip : Cigar
• softClip() : SamFilter , Cigar
• SortedType : SamFile
• SPACE_TYPE : BaseAsciiMap
• SQ : SamHeaderRecord
• Status : SamStatus , GlfStatus
• SUCCESS : GlfStatus , SamStatus