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• ifclose() : InputFile
• ifeof() : InputFile
• ifgetc() : InputFile
• ifread() : InputFile
• ifrewind() : InputFile
• ifseek() : InputFile
• iftell() : InputFile
• ifwrite() : InputFile
• IncrementCount() : CigarRoller
• InputFile() : InputFile
• isActiveHeaderRecord() : SamHeaderRecord
• isAmbiguous() : BaseUtilities
• isCharType() : SamRecord
• isClip() : Cigar
• isColorSpace() : GenomeSequence
• isContinuableStatus() : SamStatus , GlfStatus
• isDoubleType() : SamRecord
• isEOF() : GlfFile
• IsEOF() : SamFile
• isIntegerType() : SamRecord
• isMatchOrMismatch() : Cigar
• isMDTagCorrect() : SamTags
• isOpen() : InputFile
• IsOpen() : SamFile
• isStringType() : SamRecord
• isValid() : SamValidator , SamRecord , SamHeaderRecord
• isValid1BasedPos() : SamValidator
• isValidCigar() : SamValidator
• isValidFlag() : SamValidator
• isValidIsize() : SamValidator
• isValidMapQuality() : SamValidator
• isValidMpos() : SamValidator
• isValidMrnm() : SamValidator
• isValidQname() : SamValidator
• isValidQuality() : SamValidator
• isValidRefID() : SamValidator
• isValidRname() : SamValidator
• isValidSeq() : SamValidator
• isValidSequence() : SamValidator
• isValidTags() : SamValidator
• isValidValue() : SamValidator
• isValidVtype() : SamValidator