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• read() : GlfHeader , GlfRecord , GlfRefSection
• ReadBamIndex() : SamFile
• readHeader() : GlfFile
• ReadHeader() : SamFile
• readIndex() : BamIndex
• readIndexedRecord() : SamFile
• ReadRecord() : SamFile
• Remove() : CigarRoller
• removeHD() : SamFileHeader
• removePG() : SamFileHeader
• removeRG() : SamFileHeader
• removeSQ() : SamFileHeader
• reset() : SamHeaderRecord , SamQuerySeqWithRefIter , SamStatus , GlfRecord , GlfStatus
• resetBaseMapType() : BaseAsciiMap
• resetCommentIter() : SamFileHeader
• resetErrorIter() : SamValidationErrors
• resetFile() : SamFile
• resetHeader() : SamFileHeader , GlfHeader
• resetHeaderRecordIter() : SamFileHeader
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• resetPGRecordIter() : SamFileHeader
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• resetRefSection() : GlfRefSection
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• resetSQRecordIter() : SamFileHeader
• resetTagIter() : SamRecord
• rmTag() : SamRecord
• rmTags() : SamRecord