- a -

• ABORT : ErrorHandler

- b -

• BASE_SPACE : BaseAsciiMap
• BASES : SamRecord
• BGZF : InputFile

- c -

• CLIPPED : SamFilter
• COLOR_SPACE : BaseAsciiMap
• COORDINATE : SamFile

- d -

• DEFAULT : InputFile
• del : Cigar

- e -

• EQUAL : SamRecord
• ERROR : SamValidationError
• EXCEPTION : ErrorHandler

- f -

• FAIL_IO : StatGenStatus , GlfStatus
• FAIL_MEM : GlfStatus , StatGenStatus
• FAIL_ORDER : StatGenStatus , GlfStatus
• FAIL_PARSE : GlfStatus , StatGenStatus
• FASTQ_CLOSE_ERROR : FastQStatus
• FASTQ_INVALID : FastQStatus
• FASTQ_NO_SEQUENCE_ERROR : FastQStatus
• FASTQ_OPEN_ERROR : FastQStatus
• FASTQ_ORDER_ERROR : FastQStatus
• FASTQ_READ_ERROR : FastQStatus
• FASTQ_SUCCESS : FastQStatus
• FILTERED : SamFilter
• FLAG : SamFile

- g -

• GZIP : InputFile

- h -

• hardClip : Cigar
• HD : SamHeaderRecord

- i -

• insert : Cigar
• INVALID : StatGenStatus , GlfStatus
• INVALID_CIGAR : SamValidationError
• INVALID_MAPQ : SamValidationError
• INVALID_MRNM : SamValidationError
• INVALID_POS : SamValidationError
• INVALID_QNAME : SamValidationError
• INVALID_QUAL : SamValidationError
• INVALID_REF_ID : SamValidationError
• INVALID_RNAME : SamValidationError
• INVALID_SORT : StatGenStatus
• INVALID_TAG : SamValidationError

- m -

• match : Cigar
• mismatch : Cigar

- n -

• NO_MORE_RECS : StatGenStatus
• NONE : SamRecord , SamFilter
• none : Cigar

- p -

• pad : Cigar
• PG : SamHeaderRecord

- q -

• QUERY_NAME : SamFile

- r -

• READ : SamFile , GlfFile
• RETURN : ErrorHandler
• RG : SamHeaderRecord

- s -

• skip : Cigar
• softClip : Cigar
• SQ : SamHeaderRecord
• SUCCESS : StatGenStatus , GlfStatus

- u -

• UNCOMPRESSED : InputFile
• UNKNOWN : BaseAsciiMap , GlfStatus , StatGenStatus
• UNSORTED : SamFile

- w -

• WARNING : SamValidationError
• WRITE : GlfFile , SamFile