- a -
- Add()
: CigarRoller
- add()
: NonOverlapRegions
, SamCoordOutput
- Add()
: CigarRoller
- add()
: SamReferenceInfo
, NonOverlapRegionPos
- addComment()
: SamFileHeader
- addEntry()
: PileupElement
, PileupElementBaseQual
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: GlfStatus
, SamValidationErrors
, StatGenStatus
, GlfStatus
- addHD()
: SamFileHeader
- addHeader()
: SamFileHeader
- addHeaderLine()
: SamFileHeader
- addIntTag()
: SamRecord
- addKey()
: SamHeaderRecord
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: SamFileHeader
- addPosition()
: PosList
- addRecordCopy()
: SamFileHeader
- addRG()
: SamFileHeader
- addSQ()
: SamFileHeader
- addTag()
: SamRecord
- Align()
: GreedyTupleAligner< QueryType, ReferenceType, ReferenceIndex >
- analyze()
: PileupElement
, PileupElementBaseQual
, TestPileupElement
- appendCommentLines()
: SamFileHeader
- appendString()
: SamHeaderRecord
- areEqual()
: BaseUtilities