- i -

• ifclose() : InputFile
• ifeof() : InputFile
• ifgetc() : InputFile
• ifgetline() : InputFile
• ifread() : InputFile
• ifrewind() : InputFile
• ifseek() : InputFile
• iftell() : InputFile
• ifwrite() : InputFile
• incrementCount() : BaseCount
• IncrementCount() : CigarRoller
• InputFile() : InputFile
• inRegion() : NonOverlapRegions , NonOverlapRegionPos
• interval() : Timing
• isActiveHeaderRecord() : SamHeaderRecord
• isAmbiguous() : BaseUtilities
• isCharType() : SamRecord
• isClip() : Cigar
• isColorSpace() : GenomeSequence
• isContinuableStatus() : StatGenStatus , GlfStatus
• isDoubleType() : SamRecord
• isEof() : FastQFile
• IsEOF() : SamFile
• isEOF() : GlfFile
• isFirstFragment() : SamFlag
• isIntegerType() : SamRecord
• isLastFragment() : SamFlag
• isMatchOrMismatch() : Cigar
• isMDTagCorrect() : SamTags
• isMidFragment() : SamFlag
• isOpen() : FastQFile , InputFile
• IsOpen() : SamFile
• isStringType() : SamRecord
• isUnknownFragment() : SamFlag
• isValid() : SamHeaderRecord , SamValidator , SamRecord
• isValid1BasedPos() : SamValidator
• isValidCigar() : SamValidator
• isValidFlag() : SamValidator
• isValidIsize() : SamValidator
• isValidMapQuality() : SamValidator
• isValidMpos() : SamValidator
• isValidMrnm() : SamValidator
• isValidQname() : SamValidator
• isValidQuality() : SamValidator
• isValidRefID() : SamValidator
• isValidRname() : SamValidator
• isValidSeq() : SamValidator
• isValidSequence() : SamValidator
• isValidTags() : SamValidator
• isValidValue() : SamValidator
• isValidVtype() : SamValidator