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• read() : GlfHeader , GlfRecord , GlfRefSection
• ReadBamIndex() : SamFile
• readFastQSequence() : FastQFile
• readHeader() : GlfFile
• ReadHeader() : SamFile
• readIndex() : BamIndex , IndexBase , Tabix
• readLine() : InputFile
• ReadRecord() : SamFile
• readTilChar() : InputFile
• readTilTab() : InputFile
• releaseRecord() : SamRecordPool
• Remove() : CigarRoller
• removeHD() : SamFileHeader
• removePG() : SamFileHeader
• removeRG() : SamFileHeader
• removeSQ() : SamFileHeader
• reset() : PileupElement , PileupElementBaseQual , SamHeaderRecord , SamQuerySeqWithRefIter , ReusableVector< DATA_TYPE > , StatGenStatus , GlfRecord , GlfStatus
• resetBaseMapType() : BaseAsciiMap , BaseComposition
• resetCommentIter() : SamFileHeader
• resetErrorIter() : SamValidationErrors
• resetFile() : SamFile
• resetHeader() : SamFileHeader , GlfHeader
• resetHeaderRecordIter() : SamFileHeader
• resetIndex() : Tabix , IndexBase , BamIndex
• resetPGRecordIter() : SamFileHeader
• resetPrimerCount() : BaseAsciiMap
• resetRecord() : SamRecord
• resetRefSection() : GlfRefSection
• resetRGRecordIter() : SamFileHeader
• resetSQRecordIter() : SamFileHeader
• resetTagIter() : SamRecord
• rmTag() : SamRecord
• rmTags() : SamRecord